服部平次、大岡紅葉 （這兩位是和葉的朋友）在尋找和葉的下落的時候，來到了東京，在無意間發現和葉變小的事情，然後平次就把和葉接回去大阪，由於證人保護計畫於是日本警方派出了御堂春（大阪府警部）、蕾依（大阪府警部補）（這兩位都是女生）來保護和葉。在保護過程中，她們一行人遇到了黑暗組織的交易現場，結果被黑暗組織成員給餵下了ATPX-4869結果也變小了，他們全部都變成國小一年級的模樣。在被迫進入孩童之身後，服部平次、大岡紅葉、御堂春和蕾依發現自己面臨著前所未有的挑戰。她們一行人變小之後，女生們突然無法控制自己膀胱，導致他們尿失禁，然後她們就包起了尿布。他們ㄧ行人勇氣卻未曾減少。他們必須找製造解藥的方法同時躲避黑暗組織的追捕。他在尋找方法的過程中，他們發現了一個基地，那裡的女孩們（分別為：雪薇、秀婷、龍雪、凱程、盈臻、瑞雪、晨曦 、晨露、藍莓）也因為吃下ATPX-4869而變小。為了找到製造解藥辦法，於是和那些女孩成為了朋友。在他們的調查下，發現了黑暗組織的其中兩個據點在一個日本的大阪，另一個在日本東京，於是她們一行人來到平次和和葉以前讀的國小，繼續深造，並且告訴柯南另外一個據點在東京，然後東西偵探聯合對抗黑暗組織。