地球共同开发联盟的日本分部最早遭遇未知生物的袭击，位于东京湾外海的移动海上要塞检测到了一个飞行速度约2马赫的不明飞行物，飞行物正朝向东京k地区飞去，在被要塞雷达追踪后这个不明飞行物直接转向要塞飞来，最终以接近5马赫的速度撞击海上要塞的上层建筑，虽然要塞已经以最近速度开始转移。根据幸存者描述，这是一个银灰色的金属物体，类似于一个巨大的箭头形飞船，并且部分幸存者声称在接近撞击时这个飞行物甚至从箭头型变换为了钝头型，根据平台监控和专家复原发现，飞行物撞击在了要塞甲板第7层至第12层的位置，从要塞的左下角撞入后在要塞内部转了一个弯，将左侧承重柱撞裂后从要塞左侧下1/3处飞出，继续飞往东京k地区。令人惊讶的是，当发现不明飞行物后，人类对其进行了饱和攻击，同时使用了激光武器照射、导弹、电磁干扰等各种各样的手段攻击，只有激光武器照射勉强造成了一点干扰吗，随后不明显飞行物的雷达图像发生了改变后就难以影响了。
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此次攻击造成的损失十分巨大，移动要塞的左下侧上层甲板直接倾斜落海，左侧剩余建筑倾斜，更重要的是位于甲板中部左侧的核动力反应炉停摆，导致要塞移速严重下降，许多救援装置难以维持运转，也是大量人员伤亡的重要原因之一。当移动要塞抢救遇难者时，不明飞行物已经抵达东京k地区，随后停在东京塔上空变换为液态金属怪兽——暗影使者，2小时后在防卫军包围下暗影直接落在东京塔的顶部，开始将东京塔溶解吞噬，并且慢慢开始变化出人形，见此防卫军使用了常规武器与冷冻武器加激光武器轮流攻击的方法，在面对防卫军攻击时，暗影可以将部分肢体金属快速变成盾牌抵挡，在面对激光照射时可以将热量转化为炽热的液态金属球从口中喷出作为远程武器，此时防卫军携带的冷冻弹对怪兽的杀伤力最大，但是这些冷冻弹的装药量过小，无法有效杀伤。而怪兽之所以袭击东京塔，是因为这是东京地区通信的重要信号传输塔，并且东京塔的金属支撑柱也是暗影的优质口粮。
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就在暗影溶解东京塔时，防卫军东京特战队抵达了现场，向导先是通过精神力感知到暗影是未知生物派来入侵的先遣兵器，随后特战队针对金属的特性制定了先冷后热的作战方案，哨兵们在向导精神力安抚下，开始使用利爪攀爬周围高层建筑，在指定位置安放特制的冷冻导弹，与此同时地面部队运来了特制的超大功率激光武器，在20km外组装完成等待着攻击指令。
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在怪兽降落4小时后，第二轮攻击开始。激光开始照射怪兽的身体，防卫军使用热成像发现热量聚集在怪兽喉咙时，特战队发射了冷冻导弹，导弹成功命中了怪兽喉咙，在急速冷冻中怪兽的脖颈炸裂，剩余部分也重新化为液态金属落在地面，防卫军对这些液态金属进行了回收处理，经过现场向导们的精神力检测得出结论，这只怪兽已经死亡失去意识后，防卫军将液态金属遗骸运回了位于东京湾的基地中，殊不知这造成了严重的后果。当天新闻头版头条都是那被溶解了大约1/4的东京塔和遭遇袭击的移动要塞，不少人质疑特战队的作用，毕竟安放武器的工作普通防卫军也可以完成。就在人们争论不休的时候，深夜的基地传来犀利的警告，特别收容区的容器内，一罐液态金属突然变出一根金属刺扎破了容器逃逸，变成了人形怪兽，它并没有选择破坏其他容器，而是直接将通风管溶解，顺着通风管快速在基地内移动，由于此前并没有受过此类袭击，通风管设计的隔离闸门全部为金属制品，怪兽轻而易举的将闸门溶解后继续朝着中心作战室前进，防卫军在管道内释放冷冻剂的速度完全赶不上怪兽溶解速度，好几次差点就将怪兽堵在通风管内，怪兽都会溶解墙壁从通信网络管道内逃逸。这一次怪兽并没有选择吞噬金属，只是单纯的溶解，将多余的金属变成类似于坚硬外壳的方式吐在了可能有冷冻剂释放的口上。防卫军与特战队在作战室布下了天罗地网，将许多重要资料硬盘拔出后等待着怪兽从天花板掉下来。
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特战队手持冷冻枪将从天而降的暗影冰冻，随后将其放入特制的冷冻管保存，然后在特制玻璃隔离层内对暗影进行了实验，发现暗影由一种特殊的合金组成，里面有一种未知元素，暗影其余部分的合金随后被命名为曼德拉合金，这种合金具有非常好性能，而剩余的意识体根据先前向导与哨兵的精神连接类似，随后防卫军将目前已知精神力最强的几位向导找来，通过将几人的精神力连接，来与暗影的精神体对抗，经过一段时间的精神力对抗，暗影内部原来的精神力彻底被抹除，这是银河系内其他星系来的侵略者，他们生活的环境与人类大相径庭，他们属于硅基生物，很多族人都是类似于暗影这样的金属或者是石头类的生物，所以比人类更早产生了这样的精神力连接。
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而人类所面对的袭击将越来越多……