這次因國際刑警組織（ICPO）的海洋安全項目「太平洋浮標」事件，讓身為ICPO情報分析專家的直美，意外地透過她獨立研發的尖端人臉識別技術和海量數據交叉比對，獲取到了一個足以改變她人生的核心機密情報。這個情報如同晴天霹靂，證實了宮野志保這位她苦苦追尋的摯友，正是現在以小學生身份生活著的灰原哀。這個資訊如同一道猛烈的閃電，瞬間擊穿了直美多年來為之努力的目標——解開波士頓童年懸案的真相，也為她指明了組織的核心所在：APTX-4869。直美清楚地意識到，灰原哀身份的曝光，不僅僅是一個巧合，更是對她多年來堅持追查的證明，證明她們的童年陰影確實與國際犯罪組織息息相關，而這個組織擁有超越人類想像的藥物科技。直美在ICPO中，憑藉她獨立研發的尖端人臉識別技術和卓越的情報分析能力，成為了組織中不可或缺的關鍵人物，被視為技術部門的王牌分析師。她的核心動機，便是利用ICPO的龐大資源和世界級的數據庫，追查那樁讓她們童年蒙上陰影的波士頓連環殺人懸案。這樁未解的案件是她和兩位摯友（美娜、姬野惠）揮之不去的陰影，也是她決心投入科技報復社會黑暗面的最初起點和最終信念。她不惜一切代價，利用職務之便，私下將ICPO的數據資源用於個人的追查。
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在直美即將離開日本、前往下一項艱鉅任務之前，她知道自己必須抓住這個稍縱即逝的機會，將灰原哀的資訊轉化為行動，完成她多年來的心願。她巧妙地繞過了ICPO的正式程序，利用自己的私人資源和對少年偵探團的了解（從柯南的情報中得知），委託他們進行一項絕對機密的「尋找故人」任務。直美提供了美娜和姬野惠的舊照以及她們回到日本後的大致活動區域。少年偵探團在柯南（新一）的暗中指導、阿笠博士的輔助，以及直美提供的技術定位下，迅速而精準地鎖定了美娜和姬野惠的下落。兩位好友在日本重新開始了平靜的高中和大學生活，但心底始終藏著對童年懸案和對宮野志保那份不捨與疑惑，那份未解的謎團像一根刺，讓她們難以真正釋懷。四個曾經在波士頓形影不離的少女，終於在東京一個極為隱蔽、裝潢典雅的咖啡館重逢。
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當直美、灰原哀（宮野志保）與美娜、姬野惠面對面時，空氣中的情緒濃烈得幾乎凝結。美娜和姬野惠對志保當年的不告而別早已釋懷，但直美的突然出現以及她那令人震驚的ICPO身份，讓她們徹底震驚。直美沒有浪費時間在寒暄上，她開門見山，語氣堅定地揭示了當年波士頓懸案的關鍵線索——案件與一個國際級的黑暗組織有關，志保當年的離去正是為了保護她們免受牽連。這份遲來、卻充滿了犧牲的真相，終於解開了她們多年的心結，將所有的不解和遺憾轉化為對志保無盡的理解與心疼。直美隨即提出了重啟調查的提議，她