忍者，是一群可以使用名为查克拉的神奇能量的杀手。他们从身体里提炼出查克拉，并使用查克拉释放出各种威力惊人的忍术。他们可以从嘴中喷出火球，将人烧成焦炭；他们在林间纵跃，瞬身闪现；他们一个眼神就可以使心智不坚的人崩溃，套取机密的情报。忍者是如此特殊的存在，与普通人之间存在着绝对的生态位差距，因此这片大陆也冠以忍者的名，被称为忍界。
自忍者出现以来，忍界的战火就从未熄灭。在最近可考的战国时代，两个实力最强的家族，宇智波家族和千手家族，搁下对彼此的血海深仇，握手言好。两族收拢了大量忍族与平民，创建木叶隐村，使得火之国大地上终于出现了一个此前从未有过的和平之地。木叶隐村创立伊始，生机勃勃，其他国家不甘居人后，也相继创建了自己的忍村。短暂的动荡之后，忍界上出现了五个最强的隐村，它们的首领被称为影。
转眼间沧海桑田，木叶村的首领已经来到了三代目，村子人才济济，和平安睦。然而，木叶飞舞之处，黑暗也如影随形。漩涡鸣子，木叶村中的一个孤儿，有着红色的头发和狐狸的胡须，因此被视为妖狐化身，备受村民欺凌。木叶村的首领三代目火影，总是会去看望鸣子，在她受伤的时候鼓励她振作起来。鸣子因此希望成为火影那样能够帮助别人的人，并获得大家的尊敬。
鸣子 6 岁那年，她由三代目担保就读于忍者学校，交到了能够正常说话的朋友。一切都似乎在变好。然而天有不测风云，一天她跟同学逃课出来逛街，被村民的咒骂激怒，失控暴走，毁灭了一片街道，杀死了很多平民。鸣子很快就被赶来的忍者控制住，封印查克拉，关押在地下的木叶监狱，而地面上，整个木叶都回想起了被妖狐虐杀的恐惧，村民们一致要求处死妖狐之女。犯下如此罪行，鸣子希望成为火影，获得众人爱戴的美梦破碎了。正在鸣子郁郁寡欢之际，火影大楼向木叶宣布了对她的处罚结果，引起一片哗然……