望着眼前越来越僵持和不利的占据里布的内心防线也开始逐渐崩溃，但是他所不知的则是联邦军此刻也处在危险的边缘。虽然有着更多的陆军部队但是此时的联邦军的一线兵力也因为严重的损失而极为危险，在一瞬间连指挥部的指挥和参谋军官都开始准备加入陆战。同时菲涅耳系统和立场A依然无法完全发挥自身的作用，莱昂一度起了在必要时过载要塞反应堆自爆和敌军同归于尽的危险想法。在现在维系里布内心最后防线的就是后方进行重整的舰队是否可以完成自己的任务，在确认即使赶到也无法支援布伦希尔特后后方舰队的最高指挥官舍琴斯图尔大将开始将舰队机动至迪亚马特后方必经的艾策尔星域以求阻止联邦军。在25日晚9：50分双方开始在艾策尔星域接战，为了给本队拖延时间舍琴斯图尔用尽浑身解数来阻击敌军。而为了实现尽快达成目的要求联邦军也开始进行猛烈的突击并试图摧毁眼前的敌人，舍琴斯图尔的优秀指挥在战后得到了崔河俊的高度评价。只不过优秀的技术面对庞大的且同水平的敌军显得毫无意义，就和在布伦希尔特的联邦军一样舍琴斯图尔舰队在勉强支撑了24小时之后开始崩溃。尽管舍琴斯图尔勉力支持舰队但其依然在27日晚22：00陷入了不可避免的崩溃并开始被包围，在掩护舰队后撤的过程中舍琴斯图尔的旗舰施普雷林号被击沉其本人和旗舰命运与共。
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当舍琴斯图尔舰队几乎全灭的消息传来之后里布也彻底崩溃并开始陷入难以继续指挥的状态，参谋长洛夫琴大将不得不在此时接手舰队指挥权。在与舰队作战课长格奥尔基上将的沟通后，洛夫琴开始准备全体撤退，帝国军开始在28日上午2：16分回收陆战部队并开始后撤。最终在同日上午10：40分洛夫琴下令作战终止并要求帝国军舰队脱离战线，只不过此时能够撤退的帝国军由于消耗仅仅剩下了29000艘各型舰船，其中又有大约3450艘舰只因为能源耗尽被抛弃。只不过等待这支残军的命运依然是不可避免的毁灭，当洛夫琴舰队撤至克里姆希尔特时和刚刚击破舍琴斯图尔舰队且兵锋正盛的第一作战群相遇。最终在31日下午3：19分彻底失去希望的洛夫琴在下令剩余舰只投降后饮弹自尽，至此迪亚马特攻势随着帝国军彻底的战败而结束。
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在此次战役中帝国军基本损失了全部投入反击的28支舰队和11万艘各型舰艇，帝国海军彻底失去了继续进行大型舰队战的能力。几乎不可恢复的损失让帝国上下陷入了严重的恐慌之中，尽管联邦军的进攻在30日被统帅部叫停但是帝国已经没有了任何可以与之一战之力的能力。不过洛泰尔在此时并没有放弃希望，任何可以战斗的舰艇被收集起来作为可能的战斗力量。在11月中一支由两万艘各种舰船组成的舰队构成了新的帝国海军舰队，但是各种老旧甚至是博物馆舰的加入让这支舰队的战力显得极不可靠。人员的断档可能是更为严峻的问题，随着大量海军人员在迪亚马特攻势中的损失，即使是一些没有受到完整训练的士兵和军官也被纳入了新舰队。里布元帅作为战败的责任人自然被排除出了新海军，但是新上任的博尔贝雷克元帅也对于现状无能为力。即使是天才也不可能在有着如此劣势的情况下进行成功的作战。但是作为守卫帝都的唯一力量该舰队依然在成立时获得了近卫称号，只不过舰队上下的所有人都明白他们只能进行一场一个小时的战争。
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一线联邦军在此战中的表现则获得了统帅部的高度评价，即使在10月23日的提前进攻显得有些冒进但是其在之后战斗中的果敢依然被视作是被学习的楷模。联邦军在此战中的总体损失相当和帝国军相比相当轻微，而取得的巨大战果则是战前完全没有预料的。不过莱昂等人也承认如果里布在27日继续不惜一切的继续进攻极有可能取得其最初战术目标，即使没有选择自爆联邦指挥层的毁灭依然是不可避免的。假设这一极端情况真的发生那么第一战斗群大概率会在当时放弃已有战线后撤，而进一步造成的混乱则有可能持续更长的时间。在这种情况下帝国军即使全军覆灭也有可能实现和谈目标，因为在10月26日的国务会议上政府再次与统帅部发生了激烈争执并要求其对布伦希尔特的严峻局势给出解释。如果联邦彻底失去布伦希尔特那么统帅部极有可能会因为避免内战而不得不要求前线停火，这也是30日停火命令下达的一个关键要素。政府期待帝国在失去作战能力后可以开始和谈，但是其依然充满幻想地认为可以将帝国纳入其理想议会体制中。
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不过此时的洛泰尔依然不愿意进行任何实际意义的退让，因为在他看来帝国的战力并没有完全崩溃。虽然军方对他的不满已经达到了顶点但是他本人并没有任何察觉，不过在11857年—11858年双方出现了长期的停火并开始正式的谈判。只不过和之前的谈判一样双方并没有取得过于有效的进展，只不过帝国政府内部的和平派开始和联邦军秘密接触。冯.厄尔默利元帅在11859年1月的某日和莱昂在联邦占领区内秘密进行了会面，双方在交换意见之后，“帝国接受联邦军的军管下的自治”这一方案最终取得了双方的共识。这也是首次统帅部准备甩开政府独立进行政治谈判，莱昂在同月的报告中也进一步提出了对政府的不信任和可能的军方内阁方案。相较于拜伦一直坚持的政变，莱昂主张通过一种可能的合法模式夺权，即通过选举合法地取得政权并依靠优势议会席位进行强行改革。不过此时的他们依然还是将主要的精力放在了军事上面，在接下来的一年中统帅部最终确定了应该使用武力来迫使帝国无条件投降。
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因此在11860年1月联邦军开始恢复在帝国境内的大规模攻势即“拳击行动”，过去三年中帝国军拼尽全力拼凑的舰队在第二次克里姆希尔特战役中再度覆灭。当年6月联邦军挺进至帝都希尔德布兰特外围并遭到了帝国军残余部队的拼死抵抗，尽管依靠要塞对联邦军造成了严重的杀伤但是其依然无法阻止联邦。而7月皇家海军造船厂的毁灭彻底终结了帝国继续任何有组织抵抗的可能，同月希尔德布兰特开始遭到联邦军的轨道轰炸和登陆作战。更为致命的则是联邦军开始通过公共通讯下达了最后通牒，并威胁将使用菲涅尔系统毁灭整个星球。面对彻底惨败的局势洛泰尔也终于意识到了自己再无任何可能取得战争的胜利，但是抱着某种体面停战的想法他依然准备迁都至龚特尔星并要求希尔德布兰特卫戍部队以必死的决心拖住联邦的攻势。终于在当年12月忍无可忍的军队在厄尔默利元帅的代表下发动了耶尔政变并逮捕了洛泰尔本人，尽管皇帝试图自杀来避免可能的侮辱但其却最终还是被医生成功抢救。随后厄尔默利领导的临时政权与联邦军签订了停火协议，双方最终在次年一月签订了正式的停战协议。按照协议的内容帝国全境将作为联邦的特种自治区存在，厄尔默利政权将在过渡时期继续领导自治区直至过渡结束。洛泰尔则按照协议被移交给联邦军军事警察部门并被暂时软禁在位于布伦希尔特一处别墅中，尽管政府对于军方的私自媾和表现了极大的愤慨，不过来自军事安全总队和安全防卫处的一次大规模国安刑事调查让他们意识到了闭嘴的重要性。
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对联邦来说，第二次银河战争是复兴战争后最大的一次军事行动之一，尽管双方进行了长达6年的拉锯但是具体的大规模军事行动却较为有限。除了战争开头两年的大规模行动和最后一年的拳击行动外双方并没有更多的大规模军事交战，政治交锋成为此次战争中不亚于军事交锋的重要组成部分。作为主要指挥官和谈判代表的莱昂等人在此役之后均被授予国家英雄勋章并正式成为军方的核心指挥层，以这5人为首的被命名为G5的小团体将在之后的历史中扮演重要的角色。只不过战争的胜利也带来了相应的政治问题，由于战争中的表现联邦政府破天荒地向军方提出首先授予莱昂元帅军衔的提案。尽管军方对此并不反对，但是诚然此时的元帅军衔是一个极为尴尬的存在，一方面一些更为老资格的军官比如统帅部部长费雷拉元帅等人依然在服役，而在另一方莱昂本人显然也不是很愿意接受这个政治意味大于军事意味的授衔。只不过在民意等压力下莱昂最终选择了妥协，在11869年6月莱昂正式在统帅堂纪念广场举行的授衔仪式中被授予元帅军衔。只不过随之而来的任命问题也确实困扰了军方，最终在系列商议后联邦军破天荒地首次出现了武装部队总司令这个职位。这一和统帅部部长平行的职位可以说相当短命，毕竟对于任何武装部队来说双首长制度总归不是什么好事。
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好在当11863年原统帅部部长纳尔逊.费雷拉元帅决定开启自己的退休生活，而其余的G5成员也被统一授予元帅军衔才算终结了这一尴尬的局面。在经过一系列考评之后原统帅部作战部长拜伦元帅成为统帅部第51位部长并开始履行职务。其余的G5成员也在这一时期开始在不同的关键部门担任领导职位，杰瑞和杰佛瑞两位元帅分别执掌陆海军部，吉米也就任国防技术研发部部长。只有莱昂在全军内外的一片惊讶中选择了某种“急流勇退”，在升为元帅后不久他就选择了退出现役身份。只不过在高层心中这并不是一种退休而是一种别样的以退为进，在前一年的一次高层会议中莱昂向与会众人提交了一份名为“新世纪景愿”的秘密报告。该报告分析了联邦目前所面对的政治军事局势和对未来情况的一些预测，佐以立方体系统的辅助莱昂在报告中正式提出了应当取缔目前的正义自由党政府以修改不确定的未来。但是和拜伦等人的激进政变主张有所不同，莱昂计划以退役为掩护并依靠政党政治在一年后的全国大选中依靠合法程序夺权。相较于军事政变他认为此方案显得更具有合法性和更好的观感，同时依靠军方人士的强大组织能力和动员能力赢得大选也并不是什么难事。在会上统帅部高层最终认同了这一方案，但是在之后的一次私下会谈中拜伦和也莱昂提出了所谓了再保险计划。军方将继续计划政变并在有事时主动发动政变，很显然莱昂并没有反对这个计划，而这也为之后的事情埋下了伏笔。
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双方的态度可以说都有着各自的依据，从军方的强硬派看来自由党政府在第二次银河战争中的唯一作用就是拖后腿。政府在战前的一系列国防缩减计划将全军的数量缩减到了极为危险的底部，战前的联邦与帝国在现役舰艇数量上的差距只有10：1。而开战后自由党当局一直寄希望于谈判并多次拒绝军方的动员需求，如果不是比邻星的奇迹联邦极有可能会因为这一犹豫而彻底败北。即使是军方在比邻星取得了阶段性胜利后海军舰队的数量也一直无法满足需要，最后是军方自身越过宪法层面强行开始了动员和解封封存舰艇才得以满足前线的庞大需求。直至迪亚马特攻势为止自由党政府一直没有在政治上支持军队的作战，双方一致对外的政治合作甚至一直拖到了拳击行动前夕。这种对国防的严重干扰很明显不会被经历过多次大战的军队所认可，因而在战争期间军方所属的司法部门就对当局进行了多次刑事调查。而从莱昂等人的角度来看问题的核心其实在于人类文明自身的未来，当年决定接纳自由党当局的一个重要理由就是所谓的旧人类需要一个真正的领导者，一个可以领导真正人类文明的领导者。新人类的基因改造导致了他们在社会和民事问题上的极端不擅长，这一点在联邦军主导的城市建设就是一个极端典型的案例，过分追求军事意义的城市建设在实际上根本不适合居住和生活。而后期的强行生活化改造又使得这些城市始终处在一种别扭的环境中。
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为此由新人类充当保护者并由旧人类引导自身文明发展的主旋律变成为了一种军中的政治正确，只不过莱昂等一系列民政系军官的出现却在根本上动摇了这一理念。但问题在于这种动摇并不是由民政系军官发起也不是被他们所关注的，大部分受到动摇的其实反而是那些军事指挥官。在他们看来这些同时具备了新人类能力和旧人类理念的人是救赎主般完美的领导者，可是民政系官员却完全持有一种相反的观点。在他们看来自身的能力反而会导致一种旧人类心理上的堕落，试想一下当一群超人为你提供了完美的无忧的生活，那么你又要关心什么呢？因而民政系军官普遍把维护人类文明的多样性放工作首位，并一直拒绝彻底由军方主导的政府。只不过自由党政府的不靠谱和腐朽确实也在战后震撼了民政系军官团，并直接促使对方主动开始首次涉及真正的国内政治治理。只不过正如莱昂所坚持的那样，民政系的参政依然需要遵循一个符合宪政条例的程序，即以退役后的公民身份并依靠政党和选举来取得政治上的权力。
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于是曾经的国防军社会科学爱好者俱乐部便成为之后政党的主要构成部分，作为一个莱昂等人一手建立的一个同好会类组织，国防军社会科学爱好者俱乐部内聚集了相当一部分有政治学基础的军士官。源于军方的组织构成可以继承两个显著的优势，加强大的组织力和更加符合新人类群体的政治价值观。只不过为了实践一定的政治理想莱昂依然选择在政党中纳入一些更加具有实际经验的前政府人士，如一部分来