1938年，欧洲局势动荡不安，在鸢尾的绥靖政策出台后，黄金时代的帷幕黯然落下，民族主义和工人运动席卷全球。旧世界的格局开始松动，不久，轴心国与同盟国被依次组建，对利益的谋求日渐激烈，全面战争一触即发。
面对日益紧张的局势，各国对装备的需求空前旺盛，尤其是能够对局势起到决定性影响的决战兵器，在这样的背景下，心智魔方计划应运而生。
有关心智魔方的试验被各国政府列为最高机密，没人知道这些闪烁着淡蓝色光芒的立方体从哪里来，使用了什么技术手段。人们只知道，全世界拥有的魔方不超过十颗，而成功利用它的国家更是屈指可数。白鹰和重樱两国取得的成功令世界瞩目。001号决战方案——绫波，是心智魔方的第一个成功案例。除了超乎人类的智慧外，她的作战能力也无出其右。在高达数十米的身躯从海平面上显现的时候，全世界都为之震慑。重樱声称，任何一支舰队都无法与她抗衡。就在重樱日益壮大之时，海浪捎来讯息，白鹰也建造出了他们的决战兵器，新泽西与拉菲依次诞生，像世人展示了恐怖的实力，因为她们外表可爱，酷似人类少女，于是，这些造物被亲切地称为：舰娘
大陆被海洋包围，世界就像一座巨大的岛屿，谁掌握了海权，谁就掌握了世界岛。各国不甘落后，纷纷开始自家的舰娘计划，一时间，围绕着心智魔方的间谍战纷乱不休。可奇怪的是，此后无论科学家使用何种方法，即便使用同样的参数，都无法再取得哪怕一次成功，著名作家兴登堡戏称这件事为：
“无人再登王座”
但时间不会因此止步不前
直到那个秘密被曝光，曾经默默无闻的小国因此成了万众瞩目的焦点
故事开始于波西米亚