这是一个表面被71%的海水覆盖着的蓝色星球，人类在这片碧蓝色之中出生、成长、孕育和发展属于自己的文明。然而，伴随着它们的，还有不断膨胀的野心和欲望。表面风平浪静的世界格局之下，历史的暗流涌动。终于，未知的敌人在海洋中出现，面对敌方压倒性的战力，各个阵营却仍然各自为战，最终换来的结果亦是惨痛的：人类失去了90%以上的海域控制权，科技和生活水平急速倒退。人类对于海洋以及未知的敌人产生了深深的阴影，并且将那些将他们拖入深海黑暗之中的怪物称之为『塞壬』 。数十年之后，各大阵营为了夺回曾经的辉煌，终于摒弃前嫌，联合创建了第三方军事组织『碧蓝航线』 。碧蓝航线的宗旨在于：集结并共享来自世界各大阵营的科技与资源，建造出能够与塞壬抗衡的新锐部队，夺回海域的控制权。
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与此同时，『碧蓝航线』建立了军事学院—【SK】（Siren Killer），专门培养与塞壬战斗的指挥官。虽然民众都知道存在足以抵抗塞壬的精锐部队，然而并不知道精锐部队由全新的士兵——舰娘组成；舰娘是具有拟人外表的舰船，拥有人的思维，是集结了目前世界上最先进技术的战斗士兵；舰娘拥有一定的人权，但是在法律上不承认舰娘是人类；『碧蓝航线』为此专门修订了一部法律来给予舰娘保护以及限制，其中比较特殊的有：舰娘一般情况下完全服从指挥官的安排，当指挥官侵犯了舰娘的个人权利以后，舰娘可以向总部申请仲裁；舰娘可以与所喜爱的指挥官进行誓约，誓约与普通人类之间的结婚大致相同，但是又有所区别，除了能与心爱之人恩爱以外，誓约之后舰娘的各项能力值会有一定比例的提高；因为舰娘的出现使得以往的作战方式被废弃，而且只要有一人就能够指挥一支庞大的舰娘部队。
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当人类逐渐夺回部分失地之后，『碧蓝航线』物理研究所成功打破了世界壁——整个宇宙是一个无定形体，但是又具有一定的形状；平行宇宙看似重合，实际上完全处于不同的空间。为了寻求更多的资源与空间，『碧蓝航线』立马派出了部分军队前往平行宇宙探察，不出所料，几乎所有的平行宇宙都有塞壬的身影，然而，只有勇敢地战斗获取资源才能使得人类文明得以延续。同时，因为平行世界数量过于庞大，『碧蓝航线』高层经过讨论之后，决定每个平行世界均只派出一位指挥官；在科技界举足轻重的蛮啾科技公司研发了迷之生物——小黄鸡，小黄鸡将帮助指挥官完成对港区的建设，一同对抗塞壬。就这样，我们的故事从这里开始了。
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